HEALTH

Untargeted Metabolomics

Untargeted Metabolomics

Untargeted Metabolomics untersucht biologische Proben auf ihre kleinsten Bestandteile mit dem Ziel, neue Stoffe zu finden und mögliche Biomarker zu identifizieren. Durch die Kombination von Flüssigchromatographie (LC) und modernen hochauflösenden Massenspektrometern (HRMS) wird dabei eine große Datenmenge generiert und die Auswertung dieser Daten ist nur mit Hilfe einer speziellen Software möglich.

Das Institut HEALTH hat in Kooperation mit POLICIES und dem Leibnitz-Institut für Pflanzenbiochemie ein neues Softwarepaket (IPO) entwickelt, das automatisch die Parameter der etablierten Auswertungsoftware XCMS optimiert. Die optimierten Parametereinstellungen wurden an verschiedenen biologischen und medizinischen Datensätzen getestet und es konnte immer eine deutliche Verbesserung der Ergebnisse erreicht werden. Das Softwarepaket IPO wurde in der statistischen Programmiersprache R implementiert und ist auf https://github.com/glibiseller/IPO frei verfügbar. Die Verwendung von IPO wird zur Qualitätssteigerung bei der Auswertung von Metabolomicsdaten beitragen.

URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/118